そこでIE6で透過pngを表現するに、Java Sciptなどでの対策が必要になります。
検索すると様々な方法があるんですが、個人的に良い！と思ったのがDD_belatedPNG.js
ITキヲスクさんの
IE6で透過pngを表示させるオススメscript、「DD_belatedPNG.js」
の記事でこのスクリプトを知りました。

透過png対策は様々方法はありますが、background:repeatに対応していないものが多く、
背景画像にpngを使いたいときに困ってしまいます。
そこでDD_belatedPNG.jsだとbackground:repeatに対応し、処理が高速とのこと。
当サイトでも導入し、特に問題なくIE6でも透過pngが表現できました。
詳しい使い方はITキヲスクさんの
IE6用透過png対応策、DD_belatedPNGの使用法と注意点で解説されているのでご参考に。